Sejak didirikan, Masjid Al-Istiqlal Desa Botumoputi senantiasa berperan sebagai pusat ibadah dan dakwah yang mengintegrasikan penguatan spiritual, pemahaman keislaman, serta nilai-nilai kehidupan bermasyarakat, guna membentuk umat yang seimbang antara keimanan, akhlak, dan kesadaran sosial.